Die Reinigung des Alkohols ist der wichtigste Schritt im gesamten Herstellungsprozess. Das Endergebnis hängt buchstäblich vom Reinigungsschritt ab. Die im folgenden beschriebene Methode garantiert allein einen absolut reinen Alkohol. Sie wird weltweit, auch im industriellen Maßstab, verwendet. Der einzige Unterschied ist, dass industrielle Branntweinhersteller den Alkohol, nicht wie der Schnapsbrenner von oben nach unten, sondern (bei konstanter Fließgeschwindigkeit) von unten nach oben – rund 2,5 m hoch – filtrieren. Dank dieser Vorgehensweise kann die Filtration sehr genau kontrolliert werden.
Aktivkohle kann mit kleinen Schwämmen verglichen werden. Die Adsorptionskapazität von Aktivkohle wird durch die innere Oberfläche seiner Poren in bezug auf seine Masse bestimmt (m2/g). Letztere ist wiederum abhängig von der Korngröße. Je größer die Körner, desto schlechter die Reinigung. Gute Aktivkohle sollte eine Korngröße von höchstens 1 mm haben. Bei größeren Körnern lässt die Porenfläche im Verhältnis zur Masse zu stark nach, d.h. verschlechtert sich die Adsorptionskapazität. Pulver aus Braunoder Steinkohle ist zum Zweck der Filtration nicht geeignet, weil es verklebt und so den Reinigungsablauf blockiert.
Die Verunreinigungen im Alkohol, einschließlich Fuselöl, werden von den Poren der Aktivkohle adsorbiert. Zur Reinigung von 4-5 l Alkohol (maximal 50%vol) sind 1,7 l (0,5-1 kg) einer guten, feinkörnigen Aktivkohle ausreichend. Um die Reinigungskapazität maximal zu nutzen, filtriert man langsam durch eine etwa 1,5 m lange Schicht aus mit Wasser gesättigter Aktivkohle.